?

Log in

No account? Create an account
Previous Entry Share Next Entry
Введение в биологию (IIIb)
caenogenesis
Тема III
БЕЛКИ (продолжение)


solarsystem.gif

Биохимическая эволюция началась еще до образования Земли как планеты. В так называемых углистых метеоритах встречаются углеводороды с длинными (до 30 атомов) углеродными цепочками, многоатомные спирты, альдегиды, кетоны, углеводы, карбоновые кислоты, амины. Есть там и аминокислоты, причем очень разнообразные - с разным расположением аминогрупп (α-, β-, γ-, δ- и ε-аминокислоты), с двумя аминогруппами и с другими особенностями (Pizzarello, Shock, 2010). Большинство этих аминокислот не было “выбрано” эволюцией на роль протеиногенных.
Уже на этом уровне происходил процесс, аналогичный естественному отбору. Интересно поразбираться в причинах, по которым одни аминокислоты были выбраны на роль протеиногенных, а другие нет; сейчас мы попробуем кое-что на эту тему сказать. Пока добавим, что метеориты, о которых идет речь, никогда не входили в состав планет, поэтому их химический состав не искажен действием высоких температур и давлений, господствующих в планетных недрах. Это своего рода химический "заповедник" очень древней эпохи Солнечной системы.

диаминокислота.png
Эта аминокислота (по химическим правилам ее можно назвать 2,2-диамино-3-метилпентановой кислотой) была бы изолейцином, если бы не дополнительная аминогруппа в α-положении. Она может служить представителем огромного добиологического разнообразия аминокислот. Из “метеоритных” аминокислот в состав белков вошли только восемь: глицин, аланин, пролин, валин, лейцин, изолейцин, аспартат и глутамат.

изовалин.png
Изовалин - аминокислота, которая не соответствует общей формуле протеиногенных аминокислот (хотя не так уж и сильно отличается от них), не синтезируется и не разлагается никакими земными живыми организмами, но встречается в метеоритах. Это еще одна из многих аминокислот, не прошедших отбора на протеиногенность.
Почему же одни аминокислоты вошли в состав белков, а другие нет? Скорее всего, дело в том, что аминокислота с двумя радикалами или с двумя аминогруппами при одном и том же углероде уменьшает разнообразие возможных конформаций пептидов, которые из таких мономеров будут сложены. У диаминометилпентановой кислоты при α-атоме находятся две аминогруппы, у изовалина - два углеводородных радикала; и то и другое должно ограничивать число возможных конформаций полипептидной цепочки, делая ее менее гибкой. У всех без исключения протеиногенных аминокислот одна из валентностей α-атома занята простым водородом. И это, конечно, не случайность. Уже известная нам общая формула протеиногенной аминокислоты - не изолированный факт, который можно только зазубрить, а вполне объяснимый продукт эволюции.
Любой отдельный белок (если это именно белок, а не просто случайный полипептид) сам по себе тоже является продуктом эволюции, и его структура приспособлена для выполнения какой-то строго определенной функции. Известный биофизик Лев Александрович Блюменфельд писал: "Если бы для описания клетки нам пришлось выбирать между двумя крайними моделями — часовым механизмом и гомогенной химической реакцией в газовой фазе, - выбор был бы однозначен: клетка несравненно ближе к часовому механизму, чем к чисто статистической системе" (Блюменфельд, 1977). Этот принцип действует не только на уровне целой клетки - он относится и к отдельным молекулам биополимеров, то есть в первую очередь белков. Блюменфельд как раз и начинает вышеприведенными словами главу своей книги, посвященную биофизике молекул белка.
Разнообразие функций белков огромно. Очень краткий и неполный их список может выглядеть примерно так:
● Структурная (например, белки соединительной ткани или кератин, из которого состоят волосы и ногти).
● Каталитическая (ферменты).
● Сигнальная (гормоны, рецепторы).
● Транспортная (например, гемоглобин переносит кислород).
● Моторная (белки мышц, ресничек, жгутиков).
● Защитная (антитела, яды).
Из всех этих функций мы сейчас специально обсудим только одну - каталитическую.



Начнем с простых определений. Вещество, ускоряющее химическую реакцию, но само не претерпевающее в ней стойких изменений, называется катализатором. Катализатор, являющийся белком, называется ферментом. Практически все биохимические реакции идут с помощью специальных ферментов. Вещество, являющееся исходным для той реакции, которую катализирует данный фермент, называется его субстратом. Часть молекулы фермента, непосредственно взаимодействующая с молекулой субстрата, называется активным центром. Обычно активный центр занимает только небольшую часть молекулы фермента.
На приведенной картинке показан фермент, катализирующий распад молекулы субстрата на две части. Так бывает, но надо иметь в виду, что это частный случай. С таким же успехом фермент может и "сшивать" две молекулы в одну, и просто превращать одну молекулу в другую, и вообще делать что угодно. Номенклатура ферментов довольно сложна, но в большинстве случаев название фермента складывается из названия субстрата и характерного окончания "-аза".

494a8e8421b688f627e00d62c7fd6522.jpg

Активный центр взаимодействует с субстратом по так называемому принципу ключа и замка. Надо учитывать, что “замок” (активный центр) при связывании с “ключом” (субстратом) сам обратимо меняет конформацию. Во время такой реакции молекула фермента фактически действует как довольно сложная механическая машина, имеющая множество шарниров, сочленений, поворачивающихся частей и тому подобного (Хургин и др., 1967).



Каждый фермент специализирован для строго определенной химической реакции. Например, фермент сукцинатдегидрогеназа связывает сукцинат (соль янтарной кислоты) и превращает его в фумарат (соль фумаровой кислоты). Это нормальный ход реакции (a). Если на месте сукцината окажется малонат - соль малоновой кислоты, отличающейся от янтарной на один углерод - он тоже свяжется с активным центром, но никакой реакции не пойдет. Сукцинат будет как бы конкурентно вытеснен малонатом, который "застрянет" в активном центре фермента и заблокирует его (b). Это называется конкурентным ингибированием. Именно на конкурентном ингибировании основано действие многих лекарств и ядов.
Вот схема активного центра фермента ацетилхолинэстеразы, расщепляющего некую молекулу под названием ацетилхолин:



Что мы видим тут на картинке? В ацетилхолине есть:
● метильные группы (-CH3), для связывания которых активный центр образует гидрофобные “карманы” (hydrophobic pockets);
● атомы кислорода, для связывания которых активный центр имеет остаток аспарагина (Asn) - незаряженной, но полярной аминокислоты, легко образующий водородные связи;
● положительный заряд, для ионного связывания которого предназначен остаток аспартата (Asp);
● наконец, довольно протяженная углеводородная часть, для создания гидрофобных связей с которой служит ароматическое ядро остатка тирозина (Tyr).
И все это находится точно на своих местах. Стоящие на картинке числа - номера аминокислотных остатков в первичной структуре. Из них, в свою очередь, видны две вещи. Во-первых, всего в ацетилхолинэстеразе больше 600 аминокислот. Такой белок уже действительно считается большим, а активный центр занимает лишь его маленькую часть. Во-вторых, аминокислоты, оказывающиеся рядом в активном центре, могут в первичной последовательности находиться очень далеко - например, за 300 остатков друг от друга. Их "правильное" взаимное расположение достигается за счет очень точного сворачивания полипептидной цепи, то есть за счет третичной структуры. Можно представить, насколько сложной биохимической машиной является такой фермент. А в каждой живой клетке ферментов несколько тысяч.

пространство1.png

“Белковая Вселенная” - воображаемое пространство, в каждой точке которого находится один белок. Число измерений равно числу аминокислотных остатков в этом белке, а вдоль каждой из осей переменная может принимать 20 значений, по числу стандартных протеиногенных аминокислот. Имеет смысл подчеркнуть, что “белковая Вселенная” - это не поэтическая метафора, а на сегодняшний день уже повседневный инструмент работы биоинформатиков, почти как пространство декартовых координат в математическом анализе. Простейшая “Вселенная”, описывающая дипептид, имеет всего два измерения и состоит из 400 возможных точек (202).


С ростом длины белка объем “белковой Вселенной” быстро растет. Для белка из 300 аминокислот (а это типичный размер) “Вселенная” является 300-мерной и включает 20300 возможных состояний - это гораздо больше, чем общее число протонов и нейтронов в наблюдаемой части физической Вселенной (1080). Очевидно, что до сих пор эволюция исчерпала лишь ничтожную часть этого объема.


Показано, что “белковая Вселенная” расширяется, подобно физической Вселенной: с ходом эволюции белки все сильнее отличаются друг от друга (Povolotskaya, Kondrashov, 2010). На иллюстрации слева - расширяющаяся физическая Вселенная (указаны небесные объекты), справа - расширяющаяся белковая Вселенная (указаны одноклеточные организмы, первичную структуру белков которых авторы сравнивали). "Эдвин Хаббл обнаружил, что галактики удаляются друг от друга, причем расстояние между галактиками положительно коррелирует со скоростью их разлетания. Экстраполируя эту тенденцию в прошлое, Хаббл пришел к выводу, что разлетание должно было начаться из одной точки. Эта идея легла в основу современной теории Большого взрыва. Нечто подобное происходит и с белками, расходящимися от общего предка" (Марков, 2010).

universe.jpg

Это изображение окружающей нас части физической Вселенной в очень мелком масштабе - нанесенная на карту линейка соответствует миллиарду световых лет. Суперкластер Девы (Virgo Supercluster) включает 30 тысяч галактик, лишь одной из которых является Млечный Путь. Но в этом масштабе весь суперкластер Девы выглядит ничтожно маленькой областью. Вот примерно так же устроено пространство белковых последовательностей, в котором идет эволюция. А ведь могут быть еще и другие, небелковые биологические Вселенные.

  • 1

Введение в биологию (IIIb)

Пользователь papijurus сослался на вашу запись в своей записи «Введение в биологию (IIIb)» в контексте: [...] Оригинал взят у в Введение в биологию (IIIb) [...]

(Deleted comment)
Нет, не поясняется - ну так там же и не водный раствор.
Про ключ-замок подумаю, как уточнить формулировку.

(Deleted comment)
Я знаю про индуцированное соответствие, но надо подумать, как это впихнуть и впихивать ли. А замечания конструктивны вполне.

Как раз комментарии отлично дополняют рассказ автора и придают глубину. Так что комментируйте, пожалуйста!

Я как раз благодаря Вашему замечанию и понял как работают катализаторы! До этого я на все схемы смотрел как раз как та обезьяна на кнопки: вроде понятно как это выглядит и как называется, но почему же оно работает - в голове полная пустота.

Мелкий вопрос, но я не смог понять это из предыдущих разделов: почему большинство связей в молекулах обозначается чертой (или двойной, если два электрона), а некоторые треугольником - сплошным либо пунктирным?

Это попытка изобразить структурную формулу в объеме. Сплошной треугольник - связь как бы торчит из плоскости экрана к нам. Пунктирный треугольник - наоборот, уходит за экран. А простая линия - связь находится в плоскости экрана.

Все оказалось просто, даже жалко. У меня были гораздо более богатые идеи :))

1. Спасибо большое! Жду будущих публикаций

2. "Это изображение окружающей нас части физической Вселенной в очень мелком масштабе" - возможно всё-таки крупный масштаб? (на одну точку картинки много-много световых лет), а вот сама картинка (в сравнение со Вселенной) действительно мелкая.

Википедия:

Различаются карты:
крупномасштабные (1:10 000 — 1:200 000 и крупнее)
среднемасштабные (1:200 000 — 1:1 000 000)
мелкомасштабные (мельче 1:1 000 000)

По-моему, это обычное словоупотребление, я его и использовал.

Забавно... вероятно в данном случае верно и так и эдак:
+ когда речь о картах, то речь идёт о дроби 1-делить-Большое число (в итоге, действительно что-то мелкое получится).
+ однако применительно ко Вселенной есть устойчивое выражение "крупномасштабная структура Вселенной" (Large-scale structure), для описание как она выглядит по крупному.

Структура - крупномасштабная, да. Но карта-то точно мелкомасштабная. Впрочем, замечание по делу, тут чисто конфликт словоупотреблений, который мне бы надо как-нибудь сгладить - подумаю!

Введение в биологию (сборка)

Пользователь pomarki сослался на вашу запись в своей записи «Введение в биологию (сборка)» в контексте: [...] Введение в биологию (IIIb). Белки [...]

Введение в биологию от caenogenesis

Пользователь m_3713 сослался на вашу запись в своей записи «Введение в биологию от caenogenesis» в контексте: [...] Введение в биологию (IIIb). Белки [...]

Добрый день!
Подскажите, почему " аминокислота с двумя радикалами или с двумя аминогруппами при одном и том же углероде уменьшает разнообразие возможных конформаций пептидов"?
Заранее благодарен.
С уважением.

Потому что два радикала слишком велики по объему.

  • 1