Ответить на этот вопрос (разумеется, в самом общем и кратком виде) могут помочь работы двух выдающихся людей:
Алан Тьюринг (1912-1954) — английский математик, автор понятия «морфоген» и первой теории действия морфогенов в организме.

Льюис Волперт (род. 1929) — английский эмбриолог, автор понятия «позиционная информация».
Рассмотрим модель, в которой:
1) Концентрация вещества-морфогена линейно растет вдоль тела животного.
2) Есть гены А и Б, экспрессия каждого из которых включается при некоторой пороговой концентрации морфогена.
3) Порог для А ниже, чем для Б.
Очевидно, тело разделится на три зоны с разными типами клеток: зона «ни А, ни Б», зона «А» и зона «А и Б».
Если условно обозначить первую зону красным цветом, вторую белым, а третью синим — получится картинка, похожая на французский флаг.
Придумавший эту модель Льюис Волперт так ее и назвал: модель французского флага.

Модель французского флага (Гилберт, 1995).
Не правда ли, картина экспрессии Hox-генов в жаберных дугах очень похожа на модель французского флага?
А почему?
Да потому, что это она и есть!
Только с пятью зонами вместо трех.