1. Очень рано возникшая - уже в 1885 году - гипотеза происхождения хордовых непосредственно от гастреи. Почти ровно через 100 лет похожую идею предложил Ханс Бьёрринг. Но о Бьёрринге особый разговор...
2. Гипотеза происхождения хордовых от коралловых полипов, связанная с цикломерной теорией Седжвика-младшего. Ну, это само собой.
3. Гипотезы полифилии хордовых. Еще в начале XX века Дельсман предполагал, что позвоночные произошли от кольчатых червей, ланцетник - тоже от кольчатых червей, но независимо, а оболочники - от моллюсков. Эта идея представляет сейчас, что называется, исключительно исторический интерес, хотя определенная внутренняя логика есть и в ней. Гораздо позже - в 1970-х годах - на полифилии хордовых настаивал Лёвтруп, который вообще в то время выступал как кладистический "анфан террибль" традиционной филогенетики; уж не знаю, верил ли он сам во все гипотезы, которые выдвигал, или просто хотел расширить ученым сознание. Так вот Лёвтруп придавал большое значение тому, что у оболочников, у ланцетника и у позвоночных очень по-разному устроена хорда. И эта тема действительно интересна, я бы ее взял на заметку. Да, устроена по-разному. Хотя, скорее всего, все три варианта хорды вывести из общей модели все-таки вполне можно, - я об этом напишу. Тем более, хорда сейчас (в последние месяцы) стала актуальным предметом обсуждения, в силу некоторых новых открытий.
4. Самое интересное: идея Вольфганга Гутманна о том, что хордовые - самые примитивные вторичноротые. Собственно говоря, так и есть. Судя по современным деревьям, хордовые - самые примитивные вторичноротые, а ланцетник - самое примитивное хордовое; таким образом, именно ланцетник - самое примитивное современное вторичноротое, если под "примитивностью" понимать базальное положение ветви (а другого внятного смысла у этого слова нет). Думаю, если бы Гутманн был жив, он бы обрадовался такому подтверждению своей гипотезы. Хотя обоснование у него было своеобразным - исключительно со стороны биомеханики. Так или иначе, его мысли сейчас очень и очень заслуживают внимания.