Хордовых вообще от кого только не выводили. Кольчатые черви, членистоногие, полухордовые, иглокожие, моллюски, немертины, плоские черви, гребневики, кишечнополостные, - все предлагались на роль их предков, и я уверен, что это еще не полный список. Разве что вот гипотеза происхождения хордовых от круглых червей мне не попадалась, надо поискать. Гипотеза происхождения хордовых от членистоногих встречалась в двух вариантах, как со сменой спинной и брюшной сторон тела (версия Пэттена), так и без нее (версия Гэскелла, больше прославившегося в роли физиолога, исследователя вегетативной нервной системы). Если от кольчатых червей - то в каноническом варианте с переворотом (версия Дорна). Ну а идет это все, конечно, еще от Этьена Жоффруа Сент-Илера, о котором надо бы отдельно написать, и, может быть, я это в ближайшие дни и сделаю. То есть теории, которую мы собираемся обсуждать, уже довольно скоро исполнится двести лет.
Вот схема, иллюстрирующая гипотезу смены сторон тела в ее "аннелидном" варианте, то есть сравнивающая хордовых с кольчатыми червями:

Сравнительно-анатомические аргументы за и против такой гипотезы были исчерпаны еще в XIX веке. Палеонтология до сих пор не имеет такой разрешающей способности, чтобы решить этот вопрос. Остается эмбриология. Вот об эмбриологических свидетельствах дальше и надо поговорить.