Гомеозисные гены часто группируются в семейства. Семейство генов — это группа генов, происходящих от одного гена-предшественника в результате серии дупликаций. Здесь очень схематично показано происхождение двух семейств — Hox и ParaHox (Ferrier, 2007):

Некоторые гомеозисные гены включают в себя гомеобокс – последовательность из 180 пар нуклеотидов, которой в белке соответствует гомеодомен – ДНК-связывающий участок из 60 аминокислот:

Гомеодомен богат положительно заряженными аминокислотами — лизином и аргинином, по очевидной причине: этот участок физически связывается с ДНК, которая, как ей и положено, заряжена отрицательно.
Внимание! Вопреки тому, что написано в некоторых биологических книгах и сетевых источниках (например, в русскоязычной Википедии), гомеозисные гены, гомеобоксные гены и Hox-гены — это три разные вещи!
Hox — это всего лишь одно из семейств гомеобоксных генов.
Примеры других семейств: ParaHox, Dlx, Pitx, Otx.
Кроме того, есть достаточно много негомеобоксных гомеозисных генов, например Brachyury, Polycomb.